| 順 | チーム | 試 合 | 勝 点 | 勝 | 分 | 敗 | 得 失 |
| 1 | アルビレックス新潟 | 42 | 84 | 25 | 9 | 8 | 38 |
| 2 | 横浜FC | 42 | 80 | 23 | 11 | 8 | 17 |
| 3 | ファジアーノ岡山 | 42 | 72 | 20 | 12 | 10 | 19 |
| 4 | ロアッソ熊本 | 42 | 67 | 18 | 13 | 11 | 10 |
| 5 | 大分トリニータ | 42 | 66 | 17 | 15 | 10 | 10 |
| 6 | モンテディオ山形 | 42 | 64 | 17 | 13 | 12 | 22 |
| 7 | ベガルタ仙台 | 42 | 63 | 18 | 9 | 15 | 8 |
| 8 | 徳島ヴォルティス | 42 | 62 | 13 | 23 | 6 | 13 |
| 9 | 東京ヴェルディ | 42 | 61 | 16 | 13 | 13 | 7 |
| 10 | ジェフユナイテッド千葉 | 42 | 61 | 17 | 10 | 15 | 2 |
| 11 | V・ファーレン長崎 | 42 | 56 | 15 | 11 | 16 | -4 |
| 12 | ブラウブリッツ秋田 | 42 | 56 | 15 | 11 | 16 | -7 |
| 13 | 水戸ホーリーホック | 42 | 54 | 14 | 12 | 16 | 1 |
| 14 | ツエーゲン金沢 | 42 | 52 | 13 | 13 | 16 | -13 |
| 15 | FC町田ゼルビア | 42 | 51 | 14 | 9 | 19 | 1 |
| 16 | レノファ山口 | 42 | 50 | 13 | 11 | 18 | -3 |
| 17 | 栃木SC | 42 | 49 | 11 | 16 | 15 | -8 |
| 18 | ヴァンフォーレ甲府 | 42 | 48 | 11 | 15 | 16 | -7 |
| 19 | 大宮アルディージャ | 42 | 43 | 10 | 13 | 19 | -16 |
| 20 | ザスパクサツ群馬 | 42 | 42 | 11 | 9 | 22 | -21 |
| 21 | FC琉球 | 42 | 37 | 8 | 13 | 21 | -24 |
| 22 | いわてグルージャ盛岡 | 42 | 34 | 9 | 7 | 26 | -45 |