| 順 | チーム | 試 合 | 勝 点 | 勝 | 分 | 敗 | 得 失 |
| 1 | 清水エスパルス | 38 | 82 | 26 | 4 | 8 | 30 |
| 2 | 横浜FC | 38 | 76 | 22 | 10 | 6 | 33 |
| 3 | V・ファーレン長崎 | 38 | 75 | 21 | 12 | 5 | 35 |
| 4 | モンテディオ山形 | 38 | 66 | 20 | 6 | 12 | 19 |
| 5 | ファジアーノ岡山 | 38 | 65 | 17 | 14 | 7 | 19 |
| 6 | ベガルタ仙台 | 38 | 64 | 18 | 10 | 10 | 6 |
| 7 | ジェフユナイテッド千葉 | 38 | 61 | 19 | 4 | 15 | 19 |
| 8 | 徳島ヴォルティス | 38 | 55 | 16 | 7 | 15 | -2 |
| 9 | いわきFC | 38 | 54 | 15 | 9 | 14 | 12 |
| 10 | ブラウブリッツ秋田 | 38 | 54 | 15 | 9 | 14 | 1 |
| 11 | レノファ山口 | 38 | 53 | 15 | 8 | 15 | -1 |
| 12 | ロアッソ熊本 | 38 | 46 | 13 | 7 | 18 | -9 |
| 13 | 藤枝MYFC | 38 | 46 | 14 | 4 | 20 | -19 |
| 14 | ヴァンフォーレ甲府 | 38 | 45 | 12 | 9 | 17 | -3 |
| 15 | 水戸ホーリーホック | 38 | 44 | 11 | 11 | 16 | -12 |
| 16 | 大分トリニータ | 38 | 43 | 10 | 13 | 15 | -14 |
| 17 | 愛媛FC | 38 | 40 | 10 | 10 | 18 | -28 |
| 18 | 栃木SC | 38 | 34 | 7 | 13 | 18 | -24 |
| 19 | 鹿児島ユナイテッドFC | 38 | 30 | 7 | 9 | 22 | -24 |
| 20 | ザスパクサツ群馬 | 38 | 18 | 3 | 9 | 26 | -38 |