| 順 | チーム | 試 合 | 勝 点 | 勝 | 分 | 敗 | 得 失 |
| 1 | 栃木シティFC | 35 | 71 | 21 | 8 | 6 | 26 |
| 2 | ヴァンラーレ八戸 | 35 | 70 | 21 | 7 | 7 | 24 |
| 3 | 鹿児島ユナイテッドFC | 35 | 64 | 18 | 10 | 7 | 27 |
| 4 | FC大阪 | 35 | 64 | 19 | 7 | 9 | 20 |
| 5 | テゲバジャーロ宮崎 | 35 | 61 | 17 | 10 | 8 | 15 |
| 6 | ギラヴァンツ北九州 | 35 | 53 | 16 | 5 | 14 | 6 |
| 7 | ツエーゲン金沢 | 35 | 53 | 16 | 5 | 14 | 5 |
| 8 | 奈良クラブ | 35 | 53 | 14 | 11 | 10 | 5 |
| 9 | 栃木SC | 35 | 52 | 15 | 7 | 13 | 3 |
| 10 | SC相模原 | 35 | 47 | 12 | 11 | 12 | -9 |
| 11 | 福島ユナイテッドFC | 35 | 47 | 13 | 8 | 14 | -11 |
| 12 | ガイナーレ鳥取 | 35 | 45 | 13 | 6 | 16 | -6 |
| 13 | FC岐阜 | 35 | 44 | 12 | 8 | 15 | -8 |
| 14 | 松本山雅 | 35 | 39 | 10 | 9 | 16 | -6 |
| 15 | FC琉球 | 35 | 38 | 10 | 8 | 17 | -13 |
| 16 | ザスパ群馬 | 35 | 37 | 9 | 10 | 16 | -9 |
| 17 | 高知ユナイテッドSC | 35 | 37 | 10 | 7 | 18 | -18 |
| 18 | AC長野パルセイロ | 35 | 35 | 9 | 8 | 18 | -20 |
| 19 | カマタマーレ讃岐 | 35 | 31 | 8 | 7 | 20 | -18 |
| 20 | アスルクラロ沼津 | 35 | 28 | 6 | 10 | 19 | -13 |