| 順 | チーム | 試 合 | 勝 点 | 勝 | 分 | 敗 | 得 失 |
| 1 | 水戸ホーリーホック | 36 | 67 | 19 | 10 | 7 | 20 |
| 2 | V・ファーレン長崎 | 36 | 66 | 18 | 12 | 6 | 18 |
| 3 | 大宮アルディージャ | 36 | 63 | 18 | 9 | 9 | 23 |
| 4 | ジェフユナイテッド千葉 | 36 | 63 | 18 | 9 | 9 | 16 |
| 5 | 徳島ヴォルティス | 36 | 61 | 17 | 10 | 9 | 20 |
| 6 | ベガルタ仙台 | 36 | 61 | 16 | 13 | 7 | 12 |
| 7 | ジュビロ磐田 | 36 | 60 | 18 | 6 | 12 | 7 |
| 8 | サガン鳥栖 | 36 | 57 | 16 | 9 | 11 | 4 |
| 9 | いわきFC | 36 | 52 | 14 | 10 | 12 | 10 |
| 10 | FC今治 | 36 | 52 | 13 | 13 | 10 | 5 |
| 11 | モンテディオ山形 | 36 | 49 | 14 | 7 | 15 | 3 |
| 12 | コンサドーレ札幌 | 36 | 49 | 15 | 4 | 17 | -16 |
| 13 | ヴァンフォーレ甲府 | 36 | 43 | 11 | 10 | 15 | -7 |
| 14 | ブラウブリッツ秋田 | 36 | 42 | 11 | 9 | 16 | -13 |
| 15 | 藤枝MYFC | 36 | 38 | 9 | 11 | 16 | -8 |
| 16 | 大分トリニータ | 36 | 38 | 8 | 14 | 14 | -14 |
| 17 | ロアッソ熊本 | 36 | 35 | 9 | 8 | 19 | -16 |
| 18 | レノファ山口 | 36 | 32 | 6 | 14 | 16 | -12 |
| 19 | カターレ富山 | 36 | 31 | 7 | 10 | 19 | -19 |
| 20 | 愛媛FC | 36 | 21 | 3 | 12 | 21 | -33 |