| 順 | チーム | 試 合 | 勝 点 | 勝 | 分 | 敗 | 得 失 |
| 1 | ジェフユナイテッド千葉 | 12 | 31 | 10 | 1 | 1 | 16 |
| 2 | 大宮アルディージャ | 12 | 23 | 7 | 2 | 3 | 8 |
| 3 | ベガルタ仙台 | 12 | 22 | 6 | 4 | 2 | 5 |
| 4 | FC今治 | 12 | 21 | 5 | 6 | 1 | 8 |
| 5 | 徳島ヴォルティス | 12 | 19 | 5 | 4 | 3 | 4 |
| 6 | 大分トリニータ | 12 | 18 | 4 | 6 | 2 | 4 |
| 7 | 水戸ホーリーホック | 12 | 17 | 4 | 5 | 3 | 3 |
| 8 | サガン鳥栖 | 12 | 17 | 5 | 2 | 5 | -2 |
| 9 | ジュビロ磐田 | 12 | 17 | 5 | 2 | 5 | -3 |
| 10 | V・ファーレン長崎 | 12 | 16 | 4 | 4 | 4 | 0 |
| 11 | ロアッソ熊本 | 12 | 16 | 4 | 4 | 4 | 0 |
| 12 | 藤枝MYFC | 12 | 15 | 4 | 3 | 5 | -1 |
| 13 | モンテディオ山形 | 12 | 13 | 3 | 4 | 5 | 0 |
| 14 | カターレ富山 | 12 | 13 | 3 | 4 | 5 | -1 |
| 15 | ヴァンフォーレ甲府 | 12 | 13 | 3 | 4 | 5 | -3 |
| 16 | コンサドーレ札幌 | 12 | 13 | 4 | 1 | 7 | -8 |
| 17 | いわきFC | 12 | 12 | 3 | 3 | 6 | -7 |
| 18 | ブラウブリッツ秋田 | 12 | 12 | 4 | 0 | 8 | -11 |
| 19 | レノファ山口 | 12 | 11 | 2 | 5 | 5 | -2 |
| 20 | 愛媛FC | 12 | 7 | 1 | 4 | 7 | -10 |