| 順 | チーム | 試 合 | 勝 点 | 勝 | 分 | 敗 | 得 失 |
| 1 | 水戸ホーリーホック | 38 | 70 | 20 | 10 | 8 | 21 |
| 2 | V・ファーレン長崎 | 38 | 70 | 19 | 13 | 6 | 19 |
| 3 | ジェフユナイテッド千葉 | 38 | 69 | 20 | 9 | 9 | 22 |
| 4 | 徳島ヴォルティス | 38 | 65 | 18 | 11 | 9 | 21 |
| 5 | ジュビロ磐田 | 38 | 64 | 19 | 7 | 12 | 8 |
| 6 | 大宮アルディージャ | 38 | 63 | 18 | 9 | 11 | 21 |
| 7 | ベガルタ仙台 | 38 | 62 | 16 | 14 | 8 | 11 |
| 8 | サガン鳥栖 | 38 | 58 | 16 | 10 | 12 | 3 |
| 9 | いわきFC | 38 | 56 | 15 | 11 | 12 | 11 |
| 10 | モンテディオ山形 | 38 | 53 | 15 | 8 | 15 | 4 |
| 11 | FC今治 | 38 | 53 | 13 | 14 | 11 | 0 |
| 12 | コンサドーレ札幌 | 38 | 53 | 16 | 5 | 17 | -13 |
| 13 | ヴァンフォーレ甲府 | 38 | 44 | 11 | 11 | 16 | -8 |
| 14 | ブラウブリッツ秋田 | 38 | 43 | 11 | 10 | 17 | -16 |
| 15 | 藤枝MYFC | 38 | 39 | 9 | 12 | 17 | -9 |
| 16 | 大分トリニータ | 38 | 38 | 8 | 14 | 16 | -17 |
| 17 | カターレ富山 | 38 | 37 | 9 | 10 | 19 | -15 |
| 18 | ロアッソ熊本 | 38 | 37 | 9 | 10 | 19 | -16 |
| 19 | レノファ山口 | 38 | 36 | 7 | 15 | 16 | -11 |
| 20 | 愛媛FC | 38 | 22 | 3 | 13 | 22 | -36 |