| 順 | チーム | 試 合 | 勝 点 | 勝 | 分 | 敗 | 得 失 |
| 1 | 奈良クラブ | 30 | 59 | 16 | 11 | 3 | 23 |
| 2 | FC大阪 | 30 | 59 | 17 | 8 | 5 | 13 |
| 3 | Honda_FC | 30 | 56 | 16 | 8 | 6 | 24 |
| 4 | ラインメール青森 | 30 | 51 | 14 | 9 | 7 | 12 |
| 5 | FCマルヤス岡崎 | 30 | 49 | 14 | 7 | 9 | 14 |
| 6 | 東京武蔵野ユナイテッドFC | 30 | 48 | 14 | 6 | 10 | 16 |
| 7 | ヴィアティン三重 | 30 | 45 | 12 | 9 | 9 | 14 |
| 8 | ヴェルスパ大分 | 30 | 43 | 12 | 7 | 11 | -4 |
| 9 | 鈴鹿ポイントゲッターズ | 30 | 41 | 12 | 5 | 13 | -9 |
| 10 | ホンダロックSC | 30 | 36 | 10 | 6 | 14 | 0 |
| 11 | 高知ユナイテッドSC | 30 | 34 | 9 | 7 | 14 | -9 |
| 12 | FC神楽しまね | 30 | 34 | 9 | 7 | 14 | -10 |
| 13 | FCティアモ枚方 | 30 | 32 | 9 | 5 | 16 | -10 |
| 14 | ソニー仙台 | 30 | 28 | 5 | 13 | 12 | -16 |
| 15 | クリアソン新宿 | 30 | 24 | 6 | 6 | 18 | -22 |
| 16 | MIOびわこ滋賀 | 30 | 21 | 5 | 6 | 19 | -36 |