| 順 | チーム | 試 合 | 勝 点 | 勝 | 分 | 敗 | 得 失 |
| 1 | 高知ユナイテッドSC | 9 | 21 | 7 | 0 | 2 | 11 |
| 2 | FCティアモ枚方 | 9 | 19 | 6 | 1 | 2 | 4 |
| 3 | レイラック滋賀 | 9 | 16 | 5 | 1 | 3 | 8 |
| 4 | 沖縄SV | 8 | 15 | 4 | 3 | 1 | 6 |
| 5 | Honda FC | 9 | 15 | 4 | 3 | 2 | 4 |
| 6 | ヴィアティン三重 | 9 | 15 | 4 | 3 | 2 | 2 |
| 7 | 栃木シティFC | 9 | 14 | 4 | 2 | 3 | 1 |
| 8 | アトレチコ鈴鹿クラブ | 9 | 13 | 4 | 1 | 4 | 0 |
| 9 | ヴェルスパ大分 | 9 | 12 | 3 | 3 | 3 | 0 |
| 10 | ソニー仙台 | 8 | 11 | 3 | 2 | 3 | 0 |
| 11 | FCマルヤス岡崎 | 9 | 10 | 2 | 4 | 3 | 0 |
| 12 | ラインメール青森 | 9 | 9 | 1 | 6 | 2 | -1 |
| 13 | 横河武蔵野FC | 9 | 9 | 2 | 3 | 4 | -4 |
| 14 | クリアソン新宿 | 9 | 6 | 1 | 3 | 5 | -10 |
| 15 | ミネベアミツミFC | 9 | 5 | 1 | 2 | 6 | -14 |
| 16 | ブリオベッカ浦安 | 9 | 4 | 1 | 1 | 7 | -7 |