| 順 | チーム | 試 合 | 勝 点 | 勝 | 分 | 敗 | 得 失 |
| 1 | 清水エスパルス | 16 | 37 | 12 | 1 | 3 | 15 |
| 2 | V・ファーレン長崎 | 16 | 33 | 9 | 6 | 1 | 17 |
| 3 | ベガルタ仙台 | 16 | 29 | 8 | 5 | 3 | 5 |
| 4 | 横浜FC | 16 | 28 | 8 | 4 | 4 | 13 |
| 5 | レノファ山口 | 16 | 27 | 8 | 3 | 5 | 9 |
| 6 | ファジアーノ岡山 | 16 | 27 | 7 | 6 | 3 | 7 |
| 7 | いわきFC | 16 | 26 | 7 | 5 | 4 | 12 |
| 8 | ジェフユナイテッド千葉 | 16 | 24 | 7 | 3 | 6 | 16 |
| 9 | ヴァンフォーレ甲府 | 16 | 22 | 6 | 4 | 6 | 3 |
| 10 | ブラウブリッツ秋田 | 16 | 22 | 6 | 4 | 6 | 2 |
| 11 | 大分トリニータ | 16 | 22 | 5 | 7 | 4 | 1 |
| 12 | 愛媛FC | 16 | 21 | 5 | 6 | 5 | -4 |
| 13 | 藤枝MYFC | 16 | 20 | 6 | 2 | 8 | -10 |
| 14 | 水戸ホーリーホック | 16 | 18 | 4 | 6 | 6 | -2 |
| 15 | 徳島ヴォルティス | 16 | 18 | 5 | 3 | 8 | -10 |
| 16 | モンテディオ山形 | 16 | 17 | 5 | 2 | 9 | -6 |
| 17 | ロアッソ熊本 | 16 | 17 | 4 | 5 | 7 | -10 |
| 18 | 鹿児島ユナイテッドFC | 16 | 13 | 3 | 4 | 9 | -17 |
| 19 | 栃木SC | 16 | 12 | 3 | 3 | 10 | -21 |
| 20 | ザスパクサツ群馬 | 16 | 6 | 1 | 3 | 12 | -20 |