| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得失 |
| 1 | AC長野パルセイロ | 34 | 72 | 21 | 9 | 4 | 36 |
| 2 | カマタマーレ讃岐 | 34 | 68 | 21 | 5 | 8 | 22 |
| 3 | S.C.相模原 | 34 | 61 | 18 | 7 | 9 | 16 |
| 4 | FC町田ゼルビア | 34 | 61 | 18 | 7 | 9 | 9 |
| 5 | ホンダFC | 34 | 53 | 14 | 11 | 9 | 17 |
| 6 | 佐川印刷SC | 34 | 53 | 14 | 11 | 9 | 11 |
| 7 | ツエーゲン金沢 | 34 | 50 | 14 | 8 | 12 | 12 |
| 8 | ブラウブリッツ秋田 | 34 | 50 | 14 | 8 | 12 | 3 |
| 9 | ソニー仙台 | 34 | 50 | 12 | 14 | 8 | -1 |
| 10 | 横河武蔵野FC | 34 | 49 | 13 | 10 | 11 | 0 |
| 11 | FC琉球 | 34 | 46 | 12 | 10 | 12 | -4 |
| 12 | Y.S.C.C | 34 | 39 | 11 | 6 | 17 | -11 |
| 13 | 藤枝MYFC | 34 | 36 | 9 | 9 | 16 | -18 |
| 14 | 福島ユナイテッドFC | 34 | 34 | 8 | 10 | 16 | -7 |
| 15 | Hoyo大分 | 34 | 32 | 9 | 5 | 20 | -13 |
| 16 | MiOびわこ滋賀 | 34 | 30 | 8 | 6 | 20 | -18 |
| 17 | 栃木ウーヴァSC | 34 | 30 | 9 | 3 | 22 | -32 |
| 18 | ホンダロック | 34 | 29 | 6 | 11 | 17 | -22 |
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