| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得失 |
| 1 | SAGAWA | 32 | 67 | 22 | 1 | 9 | 25 |
| 2 | AC長野パルセイロ | 32 | 62 | 19 | 5 | 8 | 24 |
| 3 | 松本山雅FC | 32 | 59 | 17 | 8 | 7 | 23 |
| 4 | FC町田ゼルビア | 32 | 58 | 17 | 7 | 8 | 31 |
| 5 | V・ファーレン長崎 | 32 | 53 | 14 | 11 | 7 | 15 |
| 6 | ホンダFC | 32 | 52 | 15 | 7 | 10 | 6 |
| 7 | ホンダロック | 32 | 46 | 12 | 10 | 10 | 2 |
| 8 | ツエーゲン金沢 | 32 | 44 | 12 | 8 | 12 | 6 |
| 9 | 栃木ウーヴァSC | 32 | 44 | 12 | 8 | 12 | -3 |
| 10 | FC琉球 | 32 | 43 | 13 | 4 | 15 | -5 |
| 11 | 佐川印刷SC | 32 | 38 | 11 | 5 | 16 | -16 |
| 12 | カマタマーレ讃岐 | 32 | 37 | 10 | 7 | 15 | -11 |
| 13 | ブラウブリッツ秋田 | 32 | 37 | 10 | 7 | 15 | -13 |
| 14 | MiO | 32 | 37 | 11 | 4 | 17 | -23 |
| 15 | 横河武蔵野FC | 33 | 36 | 9 | 9 | 15 | -4 |
| 16 | アルテ高崎 | 32 | 34 | 9 | 7 | 16 | -13 |
| 17 | ジェフリザーブズ | 32 | 19 | 4 | 7 | 21 | -34 |
| 18 | ソニー仙台 | 17 | 16 | 3 | 7 | 7 | -10 |
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