| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得失 |
| 1 | ロアッソ熊本 | 28 | 54 | 15 | 9 | 4 | 19 |
| 2 | いわてグルージャ盛岡 | 28 | 53 | 15 | 8 | 5 | 15 |
| 3 | テゲバジャーロ宮崎 | 28 | 53 | 16 | 5 | 7 | 13 |
| 4 | カターレ富山 | 28 | 46 | 13 | 7 | 8 | 6 |
| 5 | 福島ユナイテッドFC | 28 | 42 | 12 | 6 | 10 | 4 |
| 6 | FC岐阜 | 28 | 41 | 12 | 5 | 11 | 3 |
| 7 | 鹿児島ユナイテッドFC | 28 | 40 | 11 | 7 | 10 | -1 |
| 8 | Y.S.C.C.横浜 | 28 | 40 | 11 | 7 | 10 | -2 |
| 9 | AC長野パルセイロ | 28 | 36 | 8 | 12 | 8 | 7 |
| 10 | 藤枝MYFC | 28 | 32 | 8 | 8 | 12 | 0 |
| 11 | ヴァンラーレ八戸 | 28 | 32 | 8 | 8 | 12 | -15 |
| 12 | FC今治 | 28 | 30 | 7 | 9 | 12 | 1 |
| 13 | ガイナーレ鳥取 | 28 | 29 | 9 | 2 | 17 | -17 |
| 14 | アスルクラロ沼津 | 28 | 27 | 7 | 6 | 15 | -12 |
| 15 | カマタマーレ讃岐 | 28 | 21 | 4 | 9 | 15 | -21 |
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