| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得失 |
| 1 | 滋賀キッカーズ | 26 | 63 | 19 | 6 | 1 | 30 |
| 2 | 上総ロッキーズ | 26 | 58 | 17 | 7 | 2 | 32 |
| 3 | FC狛江 | 26 | 56 | 16 | 8 | 2 | 32 |
| 4 | エスノルテ札幌 | 26 | 55 | 17 | 4 | 5 | 20 |
| 5 | 藤沢ACエンジェルス | 26 | 51 | 15 | 6 | 5 | 16 |
| 6 | ビクトール茅ヶ崎 | 26 | 31 | 8 | 7 | 11 | 3 |
| 7 | ラヴェール逗子 | 26 | 30 | 7 | 9 | 10 | -8 |
| 8 | 宇治FCブッソラ | 26 | 27 | 7 | 6 | 13 | -12 |
| 9 | デュメール鳥取 | 26 | 26 | 6 | 8 | 12 | -16 |
| 10 | パテレルリア伊勢崎 | 26 | 22 | 4 | 10 | 12 | -15 |
| 11 | 長崎ウィニングス | 26 | 22 | 5 | 7 | 14 | -20 |
| 12 | I.M.T.フットボールクラブ | 26 | 21 | 6 | 3 | 17 | -18 |
| 13 | 松江倶楽部 | 26 | 21 | 4 | 9 | 13 | -20 |
| 14 | 博多エレファンス | 26 | 14 | 2 | 8 | 16 | -24 |
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