| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得失 |
| 1 | FC岐阜 | 17 | 32 | 10 | 2 | 5 | 14 |
| 2 | 奈良クラブ | 17 | 32 | 10 | 2 | 5 | 11 |
| 3 | SC相模原 | 17 | 31 | 9 | 4 | 4 | 10 |
| 4 | レノファ山口 | 17 | 31 | 9 | 4 | 4 | 9 |
| 5 | 鹿児島ユナイテッドFC | 17 | 31 | 9 | 4 | 4 | 7 |
| 6 | FC大阪 | 17 | 30 | 8 | 6 | 3 | 11 |
| 7 | 愛媛FC | 17 | 29 | 9 | 2 | 6 | 5 |
| 8 | ツエーゲン金沢 | 17 | 26 | 8 | 2 | 7 | 8 |
| 9 | AC長野パルセイロ | 17 | 26 | 8 | 2 | 7 | 2 |
| 10 | FC琉球 | 17 | 26 | 8 | 2 | 7 | 1 |
| 11 | ロアッソ熊本 | 17 | 24 | 6 | 6 | 5 | 5 |
| 12 | 栃木SC | 17 | 24 | 6 | 6 | 5 | 0 |
| 13 | ギラヴァンツ北九州 | 17 | 22 | 6 | 4 | 7 | -2 |
| 14 | 福島ユナイテッドFC | 17 | 21 | 6 | 3 | 8 | -1 |
| 15 | 松本山雅 | 17 | 18 | 4 | 6 | 7 | -3 |
| 16 | レイラック滋賀 | 17 | 18 | 5 | 3 | 9 | -9 |
| 17 | ガイナーレ鳥取 | 17 | 18 | 5 | 3 | 9 | -12 |
| 18 | カマタマーレ讃岐 | 17 | 15 | 4 | 3 | 10 | -10 |
| 19 | ザスパ群馬 | 17 | 13 | 4 | 1 | 12 | -19 |
| 20 | 高知ユナイテッドSC | 17 | 9 | 2 | 3 | 12 | -27 |
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