| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得失 |
| 1 | 愛媛FC | 5 | 13 | 4 | 1 | 0 | 10 |
| 2 | 鹿児島ユナイテッドFC | 5 | 13 | 4 | 1 | 0 | 5 |
| 3 | FC岐阜 | 5 | 10 | 3 | 1 | 1 | 12 |
| 4 | レイラック滋賀 | 5 | 9 | 3 | 0 | 2 | 1 |
| 5 | SC相模原 | 5 | 8 | 2 | 2 | 1 | 3 |
| 6 | 栃木SC | 5 | 8 | 2 | 2 | 1 | 0 |
| 7 | FC琉球 | 5 | 7 | 2 | 1 | 2 | 2 |
| 8 | FC大阪 | 5 | 7 | 1 | 4 | 0 | 2 |
| 9 | レノファ山口 | 5 | 7 | 2 | 1 | 2 | 1 |
| 10 | AC長野パルセイロ | 5 | 7 | 2 | 1 | 2 | -1 |
| 11 | ガイナーレ鳥取 | 5 | 7 | 2 | 1 | 2 | -5 |
| 12 | ロアッソ熊本 | 5 | 6 | 1 | 3 | 1 | 1 |
| 13 | ツエーゲン金沢 | 5 | 6 | 2 | 0 | 3 | -1 |
| 14 | 奈良クラブ | 5 | 5 | 1 | 2 | 2 | -3 |
| 15 | 福島ユナイテッドFC | 5 | 4 | 1 | 1 | 3 | -1 |
| 16 | 松本山雅 | 5 | 4 | 0 | 4 | 1 | -1 |
| 17 | カマタマーレ讃岐 | 5 | 4 | 1 | 1 | 3 | -4 |
| 18 | 高知ユナイテッドSC | 5 | 4 | 1 | 1 | 3 | -10 |
| 19 | ギラヴァンツ北九州 | 5 | 3 | 0 | 3 | 2 | -5 |
| 20 | ザスパ群馬 | 5 | 3 | 1 | 0 | 4 | -6 |
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